中途岛作战计划已经被日本海军军令部正式批准，作战日期为6月初。

山本五十六的参战兵力和作战部署是：

一，前进掩护编队：由小松中将指挥，有16艘潜艇。其任务是在珍珠港西南潜伏侦察和攻击。

二，航空母舰第1机动编队，由南云中将指挥，有4艘大型航空母舰、2艘战列舰、2艘巡洋舰和12艘驱逐舰。其任务是对中途岛进行登陆前的空袭并给予美舰队以致命打击。

三，占领中途岛编队，由近藤中将指挥，有1艘小型航空母舰，2艘水上飞机母舰，2艘战列舰，6艘巡洋舰，11艘驱逐舰和4艘扫雷艇，以及12艘运输船，运载5000名士兵，其任务是登陆攻占中途岛。

四，进攻阿留申群岛编队，由细萱中将指挥，有2艘轻型航空母舰，1艘水上飞机母舰，7艘巡洋舰和12艘驱逐舰。其任务是在主力进攻中途岛之前，攻占阿留申群岛中的阿图岛和基斯卡岛，以吸引美军舰队北上，起到牵制敌军的作用。

五，主力编队，包括航空母舰第2机动编队和阿留申警戒编队。其中航母第2机动编队位于南云第1编队后方，由山本大将亲自指挥，有3艘战列舰，1艘轻航空母舰，2艘水上飞机母舰，1艘巡洋舰和9艘驱逐舰。

六，阿留申警戒编队位于山本以北500海里处，由高须中将指挥，有4艘战列舰，2艘巡洋舰和12艘驱逐舰，为细萱中将的阿留申群岛编队担任警戒和支援任务。

七，岸基航空兵部队，在南洋各岛展开的第24航空战队，共有鱼雷机和战斗机72架。

以上，总计200多艘舰艇，其中包括8艘航空母舰、11艘战列舰，23艘巡洋舰、65艘驱逐舰和21艘潜艇，外加600架飞机。

动用如此庞大的海上兵力是日本建立海军70年以来前所未有的壮举。光出征所需燃油，就超过战前日本海军一年的耗油总量。

南云忠一舰队中的4艘航空母舰，分别是“赤城”、“加贺”、“苍龙”和“飞龙”。其中“赤城”号是旗舰。“赤城”号1925年下水，1927年服役，标准排水量为26900吨，经过改装后，达到了36500吨，舰长250米，宽31.3米，吃水深8.7米，飞行甲板长249.2米，能搭载飞机60架～90架。“加贺”号，1921年下水，标准排水量为38200吨，舰长240.3米，宽32.5米，吃水深9.5米，飞行甲板长248.6米，能搭载飞机60～90架。“苍龙”号标准排水量为15900吨，舰长175.4米，宽20.3米。“飞龙”号排水量为17300吨，舰长222米，宽22米。“苍龙”与“飞龙”和“赤城”“加贺”相比，明显不在一个档次。

山本五十六的作战计划是：

6月7日作为进攻中途岛的N日，那时夜间的月光对夜间发起登陆极为有利。预定在N日前2天，当南云舰队到达距中途岛西北400公里处的时候，利用舰载机对中途岛发起大规模的空袭，南云的作战任务，不仅要摧毁中途岛上的美国陆军航空力量和防御工事，而且要击沉附近的美国战舰。

N日前一天，一支由藤田将军率领的小型飞机接应部队，准备在中途岛西北96公里的库雷小岛降落。建立基地，进行远程侦察，监视诱入圈套的美国舰队的来临。

N日天一亮，日本海军陆战队将在粟田少将的重型巡洋舰的炮火掩护下，对中途岛的沙岛和东岛同时发动进攻，并强行登陆。在占领入侵的过程中，近藤中将的主要舰队将控制中途岛的南方和西南方。

山本的战列舰将守候在中途岛西北1000公里的洋面上，南云舰队则埋伏在中途岛以东480公里处。在整个作战海域周围，部署有3道日军潜艇警戒线，监视敌舰的行动，及时发出警报。

山本的作战计划还是赌，他的目标很明确，那就是在最短的时间内，赢得中途岛之战的胜利。

5月25日，山本五十六的中途岛战役基本准备就绪，可谓是滴水不漏。这一天，山本在他的64000吨超级战列舰“大和”号上举行宴会，把包括南云、草鹿龙之介在内的几百名将领请到这艘旗航上赴宴，为征战将士送行，共祝出征胜利。

5月27日，战舰启行。这一天是日本的海军节，晨6时，南云的主力舰队缓缓驶出日本濑户海军基地。次日，阿留申群岛牵制舰队从九州北端的港口出发。在南边，满载5000名士兵的运输舰也从塞斑岛出发了。

5月29日晨，联合舰队中的其他舰只也从濑户内海出发。先出发的是由近藤竹海军中将率领的中途岛攻击编队，其后是山本的旗舰“大和”号为首的主力舰队。山本对击败美太平洋舰队，攻下中途岛充满信心。

“几乎所有的人都认为胜利在握”，山本的参谋渡边说，“美国人的舰队大部在大西洋，据此我们相信在太平洋上日本海军居于优势，我们不可能不会胜。”

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